В экспериментах В.А.Ковшикова и Ю.А.Элькина наблюдались разнообразные нарушения самоорганизации, которые отрицательно влияли на процесс и результаты мышления. Эти нарушения в основном захватывали эмоционально-волевую и мотивационную сферу детей и проявлялись преимущественно в психофизической расторможенности, реже — в заторможенности, а также в отсутствии устойчивого интереса к заданиям. Дети длительное время не включались в проблемную ситуацию, либо очень быстро приступали к выполнению заданий. При этом оценивали проблемную ситуацию поверхностно, не вникая в ее суть. Многих детей с моторной алалией трудно привлечь к материалу экспериментов. Некоторые испытуемые сразу отказывались работать из-за отсутствия интереса к заданиям. Другие начинали выполнять задания, но быстро утрачивали к ним интерес и отказывались работать. Дети обычно правильно разрешали проблемные ситуации, если у них создавались соответствующие психологические условия для мыслительного процесса.

Исследователи отмечают, что при осуществлении операций невербального образного и понятийного мышления со знакомыми предметами дети с экспрессивной алалией, как правило, не испытывают затруднений. Для части детей характерно замедление мыслительного процесса и большее, по сравнению с нормой, число попыток при выполнении мыслительных операций. Отрицательно влияют на выполнение заданий эмоциональная возбудимость детей, их двигательная расторможенность, отвлекаемость, негативизм, обычно проявляемый в отношении к речи.

Сравнение результатов исследования у разных возрастных групп детей с алалией и с нормальной речью показывает, что в возрасте четырех-пяти лет между детьми с алалией и детьми с нормальной речью не выявляется различий. Начиная с пяти с половиной лет дети с алалией при выполнении некоторых сложных заданий чаще испытывают затруднения, чем их сверстники с нормальной речью. Это, например, исключение «лишней» фигуры, установление постепенно усложняющегося последовательного ряда фигур, образование понятий «транспорт», «люди», «предметы неживой природы» и задания на установление последовательности из четырех картинок. Различия, вероятно, объясняются тем, что у нормально говорящих детей к шести годам лучше, чем у детей с алалией, формируется способность к самоорганизации, благодаря чему они более продуктивно совершают мыслительные операции. Такие задания требуют тщательного анализа многих компонентов проблемной ситуации, длительного напряжения, устойчивого внимания.