Базовым предположением, направляющим исследования была идея о том, что эмоциональные заболевания человека имеют биологические корни. Не удовлетворившись общепринятыми объяснениями эмоциональных расстройств, Боуэн самостоятельно пытался найти ответ на вопрос: "что же представляют собой эмоциональные расстройства?" Он заметил, что попытки найти логические ответы приводили к еще более неразрешимым вопросам. Примером может служитьт известная идея о том, что эмоциональные расстройства являются результатом материнской депривации. При этом остаётся невыясненным тот факт, что одни люди переживали депривацию и заболевали, а другие, прошедшие через ещё более сильную депривацию, тем те менее, оставались совершенно здоровы. Психоаналитическая теория стремилась объяснить эмоциональные расстройства как следствие отношений между родителями и ребенком, в одном поколении, не объясняя, как такие серьезные проблемы могут возникнуть столь быстро. Размышления обо всём этом подтолкнули Боуэна на дальнейшее изучение эволюции, биологии и естественных наук в поисках знаний, которые привели бы его к более широким теоретическим построениям, охватывающим эти вопросы. В результате Боуэн приходит к выводу, что эмоциональные расстройства коренятся в тех частях человека, которые он разделяет с более низкими формами жизни. Боуэн пишет: "Я хотел, чтобы психиатрия была признана наукой и помня о судьбе психоанализа использовал только те концепцияы, которые могли быть согласованы с признанной наукой. В основном, я использовал концепцияы биологии (также имеющей дело с живым) для описания поведения человека."

Боуэн использовал следующие концепцияы: "симбиоз", "дифференциация" ( при этом, используя это понятие для описания дифференциации Я, Боуэн подразумевал процесс подобный дифференциации клеток), "слияние", "инстинктивность" (используется абсолютно в том же значении, что и в биологии, а не в психоанализе).

Внимательный читатель уже заметил, что термин "эмоциональное заболевание" используется вместо традиционного "душевное (психическое) заболевание". Изменение в терминологии подчеркивает важную идею в Теории Систем Боуэна. Эмоции в таком понимании относятся к автоматическим процессам, управляющим жизнью на всех уровнях, от клеточного до социального. Боуэн объясняет это следующим образом: "Эмоциональное функционирование включает в себя силы, которые в биологии определяются как инстинкты или автоматические функции, контролирующиеся автономной нервной системой. Субъективные эмоциональные и чувственные состояния, и силы управляют системами взаимоотношений. В широком смысле, эмоциональная система управляет жизненными процессами всех живых существ". (Bowen, 1975)