Базовую, философскую основу применяемых методов составляют, как уже отмечалось, идеи и установки реализма, прагматизма, диалектики. В их числе следует прежде всего назвать принципы: реалистичности, объективности, конкретности оценок, системности, опоры на практику и признание ее решающей роли при рассмотрении вопросов безопасности.

Особое значение для общей и специальных теорий безопасности государства имеют идеи и установки системного подхода. Он необходим при решении упомянутых методологических задач – выяснения сути, места, роли общей и специальных теорий безопасности государства в системе научных знаний, определения содержания и соотношения исходных понятий. В еще большей мере он нужен для анализа факторов опасности и сопоставления систем (теоретических моделей) безопасности.

На базе идей и требований системного подхода используются в разных сочетаниях и другие научные методы: эмпирические – наблюдение, эксперимент, опросы, обследования; теоретические – анализ, синтез, абстрагирование, сравнение, обобщение, мысленный эксперимент, формализация, различного рода математические приемы. Следует упомянуть и так называемые эвристические методы индивидуального и коллективного характера, особенно когда решаются прогностические или конструктивные задачи, осуществляется поиск новых идей, подходов, решений в области обеспечения безопасности.

Таким образом, опираясь на определенные мировоззренческие положения и названный арсенал методологических средств, общая теория безопасности государства исследует весь круг проблем, относящихся к ее компетенции. Важнейшей среди них является выяснение сущности и содержания исходных, фундаментальных для всех теорий безопасности государства понятий.