Но в 40-х гг. положение церкви в немецкой школе укрепляется. В ряде германских государств заметное влияние в системе образования стали приобретать пиетисты. Сторонников светской школы подвергали гонениям (например, был отправлен в отставку Дистервег). По закону 1846 г. епископат приобрел право утверждать в должности школьных учителей.

На волне революционных событий 1848 г. произошло известное упрочение светского образования. Общегерманская конституция (1848 г.) признавала школу светским учреждением и провозгласила право поступления в учебные заведения независимо от религиозных убеждений.

В обстановке послереволюционной реакции влияние школьных клерикалов вновь усилилось. Так, в Пруссии, по конституции 1850 г., в школе сохранялось преподавание религии. Духовное и школьное ведомства находились в подчинении министерства. Подтверждались права церкви участвовать в назначении учителей. Священнослужители могли быть преподавателями. Начальные учебные заведения остались под надзором местных духовных властей. Согласно министерскому циркуляру 1852 г., программа педагогического образования включала обязательный предмет "практическое обучение преподаванию основ религии". "Регулятивы Раумера" (1854) определяли важнейшей задачей подготовку педагогов к преподаванию религии, оговаривали, что обучаться в учительской семинарии могли лишь лютеране, вводили специальные уроки богословия в начальной школе.

После объединения Германии положение церкви в сфере образования мало изменилось. Несколько поколеблен был школьный клерикализм в результате событий, связанных с т. н. культур-кампфом, когда германский канцлер Бисмарк в 1872—1875 гг. принял меры против церкви, посягнувшей на политическую гегемонию Пруссии. Духовенство было лишено надзора за школами, члены школьных религиозных конгрегации — права преподавания, а сами конгрегации были распущены. Но уже к началу 1880-х гг. "культуркампф", а с ним и антиклерикальные мероприятия в сфере образования были отменены.