Отойдя на время от практической деятельности, Песталоцци пишет педагогический роман "Лингард и Гертруда", который принес ему некоторые средства, а главное — громкую славу. Так, Законодательное собрание Французской республики объявило Песталоцци почетным гражданином Франции.

В 1789 г. для Песталоцци открылась возможность возвратиться к излюбленным занятиям. Он открывает воспитательное учреждение для сирот и нищих в Станце, где с особой тщательностью организует и исследует воспитывающий труд и развивающее обучение. У него рождается идея элементного умственного, нравственного и физического воспитания.

Приют в Станце просуществовал недолго. Детей и воспитателя выгоняют на улицу. Но и это не сломило Песталоцци. Он вновь и вновь возобновляет педагогическую работу — поначалу в Бургдорфе (1800—1804), затем в приюте для бедных в Ивердоне (1805—1826).

На закате жизни Песталоцци пишет ряд сочинений, в которых обобщает свой опыт. Среди них — знаменитая "Лебединая песня".

Песталоцци предлагал при определении основ образования опереться на знание человеческой психологии. В поисках общего психологического источника приемов воспитания и обучения он пришел к убеждению, что таковыми являются элементы — простейшие составные части человеческого знания. У Песталоцци познание начинается не с чувственного наблюдения, а с активного созерцания идеальных объектов подобных элементов.

Песталоцци призывал вслед за Руссо вернуться в воспитании к "высокой и простой сообразности с природой". Однако он расставлял иные акценты в соотношении биологических и социальных факторов воспитания, выдвинув тезис "жизнь формирует". Воспитание рассматривалось как многообразный социальный процесс, и утверждалось, что "обстоятельства формируют человека, но и человек формирует обстоятельства. Человек имеет в себе силу многообразно гнуть их по своей воле. Делая это, он сам принимает участие в формировании себя и во влиянии обстоятельств, действующих на него".