Формулируя правила учебного процесса, Коменский ставит цель обеспечить простое и основательное обучение, отвергает вербализм, предлагает идти в преподавании от реального.

Призывая к формированию человека в соответствии с идеалами добра и общественной пользы, Я. А. Коменский особое внимание уделяет вопросам нравственного воспитания. Его труды, прежде всего "Великая дидактика" и "Всеобщий совет", проникнуты глубокой верой в человеческую личность, расцвет которой всегда оставался заветной мечтой выдающегося чешского педагога. "Человек есть самое высшее, самое совершенное, самое превосходное творение", — читаем мы в первых строках "Великой дидактики".

Фундаментальной идеей педагогики Я. А. Коменского является пансофизм, т.е. обобщение всех добытых цивилизацией знаний и донесение этого обобщенного знания через школу на родном языке до всех людей независимо от общественной, расовой, религиозной принадлежности. Великий мыслитель видел корень зла в невежестве или искажении знаний и мечтал о приобщении человечества к всеобщей мудрости, подлинному знанию — пансофии.

В своей утопии "Лабиринт света и рай сердца" (1625) он изобразил человека путником, проходящим по лабиринту жизни. Чтобы достойно и успешно пройти такой лабиринт, человек должен приобрести приносящее общественную пользу образование. Продолжая размышлять о необходимости такого образования, Я. А. Коменский писал спустя четверть века в трактате "О развитии природных дарований": "Кто мудр, тот повсюду сумеет быть полезным и будет подготовлен ко всем случайностям". Его педагогика противостояла схоластическому воспитанию. Бичуя бессистемность обучения, пустословие и грубость, господствовавшие в школе, Я. А. Коменский стремился к формированию благочестия, самостоятельного, деятельного мышления, способности к разнообразному труду.

Я. А. Коменский отстаивал гуманистическую программу школьного дела. Он отдал всего себя превращению учебного заведения из места бессмысленной зубрежки, телесных наказаний, подавления детей в храм разумного, приносящего радость воспитания и обучения. Чешский педагог видел школу исполненной красоты, любви и внимания к детям. Идеальная школа должна была стать "лабораторией" подготовки гуманных людей, обученных эффективно действовать на "поприще труда". Школа виделась Коменскому как заведение непрестанных умственных усилий учащихся, соревнования умов и дарований, борьбы за искоренение нравственных пороков. Разумно организованное обучение, считал ученый, требовало от наставника и воспитанника усилий на пределе их возможностей.