В 1641 —1642 гг. чешский педагог активно сотрудничает с последователями Ф. Бэкона в Англии. Он разрабатывает обширные планы совершенствования общества посредством реформ школы. В Швецию Коменский отправился в надежде получить помощь в борьбе против Габсбургов. В обмен на такую поддержку он предложил свои услуги в подготовке учебников для шведских городских школ.

Не оставил своих педагогических замыслов Я. А. Коменский и во время пребывания в венгерском городе Шарошпатоке в 1650 - 1654 гг. Здесь он, однако, столкнулся с ситуацией, которая заставила его оставить на время обширные планы улучшения образования. В условиях почти поголовной неграмотности в Венгрии следовало решать более скромные задачи, и Коменский направляет свои усилия прежде всего на организацию первоначального обучения. Он предлагает новые формы обучения и преподавания. В Венгрии ученый издает ряд педагогических сочинений. В Шарошпатоке он завершает труд "Мир чувственных вещей в картинках", пишет несколько школьных пьес, создает школу. В Венгрии чешский педагог сумел лишь отчасти осуществить свои планы совершенствования школьного дела.

Тридцатилетняя война разрушила надежды "чешских братьев" на освобождение родины. Много горя принесла война и самому Коменскому. За годы изгнания он потерял детей, жену, немало близких людей. В 1656 г. в Лешно сгорели его рукописи.

Последние годы жизни педагог проводит в Амстердаме. В Нидерландах ему удалось издать многие свои сочинения. Так, в 1657 г. впервые увидела свет "Великая дидактика" на латинском языке. За четыре года до смерти Я. А. Коменский публикует часть "Всеобщего совета об исправлении дел человеческих" - главного труда своей жизни. В этом своеобразном завещании потомкам выдающийся деятель позднего Возрождения призывал человечество к миру и сотрудничеству. "Всеобщий совет" - итог размышлений Коменского о целях и сущности воспитания. Он пишет, что мудрым и полезным человек становится лишь тогда, когда основную цель жизни видит в "благополучии человеческого рода". Пафос "Всеобщего совета" состоит прежде всего в идее универсального воспитания, которое приведет человечество к миру без войн, социальной справедливости и процветанию. В "Пампедии" (одна из частей "Всеобщего совета") Коменский с глубочайшим оптимизмом, верой в беспредельный прогресс человечества, торжество добра над злом обозревает бытие за пределами школы. Ученый мечтает изменить жизненный уклад современников в духе общественного блага. Воспитание в "Пампедии" осмыслено как путь преобразования человечества. С удивительной силой и страстью провозглашены основополагающие педагогические идеи: всеобщее образование народа; демократическая, с преемственными звеньями школьная система; приобщение подрастающего поколения к труду; приближение образования к потребностям общества; нравственное воспитание на началах гуманизма.