Школьные уставы объявляли "центром образования" христианство. В коллежах иезуитов особенно сильна была нетерпимость к иным верованиям и убеждениям.

В программу коллежа, рассчитанную на пять лет обучения, входили латинский и греческий языки, античная литература, катехизис на латинском языке, элементы истории, географии, математики, естествознания. Программа распределялась по двум основным циклам: младшие "грамматические классы " и старшие "классы риторики".

Древние языки и литературу учили по трудам античных авторов, особенно Цицерона. Произведения античной литературы также служили для упражнений в красноречии. Гуманистический смысл произведений выхолащивался, поощрялось осуждение в них "нравственно соблазнительного". Обучение истории и географии было оторвано от национальной почвы. Источником знаний становились преимущественно сведения из древней истории. Иезуиты исходили из убеждения, что знание национальной истории "служит на гибель тому, кто ее изучает". Правда, в конце XVII в. в преподавании истории и географии произошли известные перемены, в частности, стали использовать географические карты с учетом тогдашних открытий.

Однако, в сущности, иезуиты всегда были противниками обновления содержания образования. Лишь в конце XVII в. в коллежах стали давать сколько-нибудь серьезные естественнонаучные знания. До этого природа оставалась для учеников "закрытой книгой". В лучшем случае, как это было в Л а Флеш, преподавали геометрию и искусство фортификации.

Метода обучения была тщательно продумана и регламентирована. Например, при изучении латыни полагалось ежедневно выучить не менее трех-четырех строк текста. Учебный день начинался с повторения предыдущего урока. Точно так же учебная неделя начиналась с повторения материала предшествующей недели. Новый учебный год открывался обзором пройденного в предыдущем году. Начало занятий в "классах риторики" предварялось кратким повторением материала "грамматических классов". Девизом служил лозунг: "Важнее основательность, чем объем знания".