Большинство первых университетов имели несколько факультетов. Содержание обучения определялось программой семи свободных искусств. Так, на факультете искусств в основном читали сочинения Аристотеля по логике, физике, этике, метафизике, которые были переведены в XII в. с арабского и греческого языков. Усиливалась специализация. Так, Парижский университет славился преподаванием теологии и философии, Оксфордский - канонического права, Орлеанский - гражданского права, университет в Монпелье (южная Франция) - медицины, университеты Испании - математики и естественных наук, университеты Италии - римского права.

От студента требовалось посещать лекции: обязательные дневные (ординарные) и повторительные вечерние. Вот как описывает подобное занятие бывший студент Т. Платтер (1492- 1582). В один и тот же час, в одном и том же помещении профессора диктовали выдержки из сочинений латинских авторов. Студенты записывали эти выдержки, затем переводили и комментировали. Наряду с лекциями еженедельно происходили диспуты с обязательным присутствием студентов. Преподаватель (обычно магистр или лиценциат) назначал тему диспута. Его помощник - бакалавр - вел дискуссию, т.е. отвечал на вопросы и комментировал выступления. В случае необходимости магистр приходил бакалавру на помощь. Один-два раза в год устраивались диспуты "о чем угодно" (без жестко оговоренной темы). В этом случае нередко обсуждались животрепещущие научные и мировоззренческие проблемы. Участники диспутов вели себя весьма свободно, прерывая оратора свистом и криками.

Университеты явились альтернативой схоластике, вырождавшейся в "науку пустых слов". В XIV - XV вв. пропасть между новейшим знанием и схоластикой увеличивалась. Схоластика все больше превращалась в формальную бессодержательную философию. "Научными штудиями" схоластов могли быть, например, дискуссии на темы: "Сколько чертей помещается на кончике иглы", "Почему Адаму в раю нельзя было съесть яблоко, а не грушу" и пр.