Душа соединена со всем телом, но наиболее ее деятельность связана с мозгом, точнее, по Декарту, не со всем мозгом, а только с частью его, «расположенной глубже всех». Душа помешается в очень маленькой железе, находящейся в середине мозга; в силу своего положения она улавливает малейшие движения живых духов, которые «могут ее двигать весьма различно в зависимости от различных предметов. Но и душа может вызвать различные движения; природа души такова, что она получает столько различных впечатлений, т. е. у нее бывает столько различных восприятий, что она производит различные движения в этой железе. И обратно, механизм нашего тела устроен так, что в зависимости от различных движений этой железы, вызванных душой или какой-либо другой причиной, она действует на «духи», окружающие ее, и направляет их в поры мозга, которые по нервам проводят эти «духи» в мускулы. Таким путем железа приводит в движение части тела»(СНОСКА: Декарт Р. Избранные... С. 613.).

В объяснении механизма взаимодействия души и тела выступают глубокие противоречия философского учения Декарта. С одной стороны, утверждается, что душа имеет отличную и независимую от тела природу, с другой — тесно с ним связана; душа непротяженна и помещается в маленькой железе мозга. Так, в системе Декарта метафизические гипотезы и опытные наблюдения вступают в противоречие друг с другом(СНОСКА: После Декарта проблему взаимодействия души и тела пытались решить окказионалисты А. Гейлинкс (1625—1669) и Н. Мальбранш (1638—1715): настоящее взаимодействие невозможно, видимость же его производится простым вмешательством Бога. Тело считается случайной или кажущейся причиной происходящих в душе изменений и обратно. Это лишь окказия (cause per occasionem) — повод для деятельности истинной причины, которая в Боге.).

Учение Декарта о душе и теле и об их субстанциональном различии породили философскую психофизичёскую проблему: хотя различие между духовным и телесным признавалось и до Декарта, но четкого критерия выделено не было. Единственным средством познания души, по Декарту, является внутреннее сознание. Это познание яснее и достовернее, чем познание тела. Декарт намечает непосредственный путь познания сознания: сознание есть то, как оно выступает в самонаблюдении. Психология Декарта идеалистична.