Таким образом, Декарт избирает новый способ исследования: отказывается от объективного описания «Я» и обращается к рассмотрению только своих мыслей (сомнений), т. е. субъективных состояний. При этом в отличие от задачи, стоящей перед предыдущим изложением, когда целью было оценить их содержание с точки зрения истинности заключенных в них знаний об объектах, здесь требуется определить сущность «Я».

«Под словом «мышление» (cogitatio) я разумею все» что происходит в нас таким образом, что мы воспринимаем его непосредственно сами собою; и поэтому не только понимать, желать, воображать, но также чувствовать означает здесь то же самое что мыслить»(СНОСКА: Декарт Р. Избранные... С. 429.).

Мышление — это чисто духовный, абсолютно бестелесный акт, который Декарт приписывает особой нематериальной мыслящей субстанции. Этот вывод Декарта встретил непонимание уже у современников. Так, Гоббс указывал, что из положения «я мыслю» — можно скорее вывести, что вещь мыслящая есть нечто телесное, чем заключать о существовании нематериальной субстанции. На это Декарт возражал: «...нельзя представить себе, чтобы одна субстанция была субъектом фигуры, другая — субъектом движения и пр., так как все эти акты сходятся между собой в том, что предполагают протяжение. Но есть другие акты — понимать, хотеть, воображать, чувствовать и т. д., которые сходятся между собой в том, что не могут быть без мысли или представления, сознания или знания. Субстанцию, в коей они пребывают, назовем мыслящей вещью, или духом, или иным именем, только бы не смешивать ее с телесной субстанцией, так как умственные акты не имеют никакого сходства с телесными и мысль всецело отличается от протяжения»(СНОСКА: Цит. по изд.: Любимов Я. А. Философия Декарта. Спб., 1886. -С. 149—150.).

В ответе другому лицу Декарт замечает: «...можно недоумевать, не одна ли это и та же натура, которая и думает и пространство занимает, т. е. которая вместе и духовная и телесная, но путем, мною предложенным, мы познаем ее только как духовную» (СНОСКА: Там же.). Качественное различие разных свойств материи превращается в отрыв некоторых из них от материи, что и воплотилось в разделение всего существующего на две субстанции(СНОСКА: Декарт выделял также Бога как высшую субстанцию, которая является причиной материи и духа.). Этот идеалистический вывод явился следствием метафизического способа рассуждения. Сознание Декарт описывает в противопоставлении телу, с которым отождествляет материю и дает геометрическое представление о материи. В основе физической теории Декарта лежит идея о тождестве материи и протяжения. «Природа материи, т. е. тела, рассматриваемого вообще, состоит не в том, что оно вещь твердая, тяжелая, окрашенная или иным каким образом возбуждающая наши чувства, но в том только, что оно — субстанция, протяженная в длину, ширину и глубину»(СНОСКА: Декарт Р. Избранные... С. 466.). Телу свойственны также делимость, пространственная форма (фигура), перемещение в пространстве в результате толчка, сообщаемого данному телу другим телом, скорость этого перемещения, которые суть некоторые модусы протяжения. Сопоставление телесной и духовной субстанций привело Декарта к выводу о «полнейшей разнице, существующей между духом или душой человека и его телом», которая состоит «в том, что тело по своей природе всегда делимо, тогда как дух совсем неделим»(СНОСКА: Там же. С. 403.).