Учение о душе включает науки о рациональной божественной душе или духе и о чувствующей нерациональной, общей человеку и животным, природа которой телесна. В разделении души на боговдохновенную и чувствующую проявляется теологическая непоследовательность Бэкона, характерная, по оценке Маркса, для всей философии Бэкона. В каждой душе Бэкон выделяет ее способности (функции). Для чувствующей души это способности ощущения и выбора, т. е. стремление к благоприятным и избегание неблагоприятных обстоятельств, и произвольные движения. Способность ощущения и выбора, по Бэкону, имеют все тела: например, железу приписывалась особая симпатия — стремиться к магниту, плотным и тяжелым телам — влечение к земле. От нее следует отличать восприятие как функцию души. Однако критерия, позволяющего произвести это различение, Бэкон не дает. Способности рациональной души — это разум (или интеллект), рассудок, воображение, память, желание (или влечение), воля. Науки о душе должны исследовать их происхождение, способы их развития и укрепления.

Наиболее подробно Бэкон рассматривает проблемы познания. Он исходит из признания объективности существующего мира. По характеристике Маркса, «материя улыбается своим поэтически-чувственным блеском всему человеку»(СНОСКА: Маркс К., Энгельс Ф. Соч. Т. 2. С. 142.). Чувства являются исходным элементом познания, но они не обеспечивают всего познания. Данные чувств должны обрабатываться разумом. Критикуется догматизм, когда, подобно пауку, тянут паутину мыслей из самих себя. Необходим союз опыта и рассудка. По характеристике Маркса, у Бэкона «наука есть опытная наука и состоит в применении рационального метода к чувственным данным»(СНОСКА: Маркс К, Энгельс Ф. Соч. Т. 2. С. 142.). Анализ познавательных возможностей человека приводит Бэкона к выводу о том, что познание подвержено глубочайшим заблуждениям, которые обманывают не в частных вопросах, но на каждом шагу как бы расставляют ловушки разуму. Эти заблуждения Бэкон обозначает словом '«идолы». «Ведь человеческий ум, затемненный и как бы заслоненный телом, слишком мало похож на гладкое, ровное чистое зеркало, не искаженно воспринимающее и отражающее лучи, идущие от предметов; он подобен скорее какому-то колдовскому зеркалу, полному фантастических и обманчивых видений. Идолы действуют на интеллект или в силу самих особенностей общей природы человеческого рода, или в силу индивидуальной природы каждого человека, или как результат слов, т. е. в силу особенностей самой природы общения. Первый вид мы обычно называем идолами рода, второй— идолами пещеры и третий — идолами площади. Существует еще и четвертая группа идолов, которые мы называем идолами театра, являющимися результатом неверных теорий или философских учений и ложных законов доказательства. Но от этого типа идолов можно избавиться и отказаться... Идолы же остальных видов всецело господствуют над умом и не могут быть полностью удалены из него»(СНОСКА: Бэкон Ф. Соч. Т. 1. С. 322—323.). Препятствия, стоящие на пути человеческого познания, могут быть либо врожденными, либо приобретенными. Как они ни могущественны, они преодолимы, и познание объективной истины возможно. Встает вопрос о средствах освобождения от заблуждений. Подобно тому как в практической деятельности, «если бы люди взялись за механические работы голыми руками без помощи орудий... то невелики были бы те вещи, которые они смогли бы подвинуть и преодолеть, хотя бы они посвятили этому усердные и притом соединенные усилия»(СНОСКА: Бэкон Ф. Соч. Т. 2. М., 1972. С. 8.), так и познающий ум должен быть надежно вооружен. «Голая рука и предоставленный самому себе разум не имеют большой силы. Дело совершается орудиями и вспоможениями, которые нужны не меньше разуму, чем руке. И как орудия руки дают или направляют движение, так и умственные орудия дают разуму указания или предостерегают его»(СНОСКА: Там же. С. 12.). Главным орудием познания, по Бэкону, является метод» «самая важная проблема из всех существующих». Методом, адекватно раскрывающим природу, Бэкон считает научную индукцию. Его заслуга состоит в том, что он возвел индукцию в общую теорию, выявил правила перехода от частного к общему. Учение Бэкона оказало огромное влияние на все науки и сделало его родоначальником эмпирической науки. Именно логика вместе с экспериментом выступает у Бэкона орудием, которое вооружает методом научного исследования.