Поскольку все науки изучают одни и те же предметы, но с разных точек зрения, постольку «нельзя допустить никакого принципиального различия между психологическими и естественнонаучными методами»(СНОСКА: Вундт В. Очерки... С. 9.). Поэтому в психологии также должны использоваться экспериментальные методы, «имеющие целью осуществить точный анализ психических процессов, подобный анализу, предпринимаемому естествознанием в применении к явлениям природы»(СНОСКА: Там же.). Эксперимент не отменяет самонаблюдения, оно остается единственным прямым методом в психологии. Объективные явления — поведение, деятельность— Вундт исключал из психологии. «Человек сам — не как он появляется извне, но как он дан непосредственно себе самому» является собственно проблемой психологии. Эксперимент лишь позволяет сделать самонаблюдение более точным.

Однако не вся психика поддается экспериментальному изучению. Вундт ограничил эксперимент областью простейших психических процессов — ощущений, представлений, времени реакций, простейших ассоциаций и чувствований. Исследование высших психических функций и психического развития требует других методов. В качестве таковых Вундт считал анализ продуктов человеческого духа, которые являются продуктом общения множества индивидов: языка, мифов, обычаев. Эту часть психологии он назвал психологией народов, противопоставив ей индивидуальную экспериментальную психологию. С введением Вундтом двух психологии, отличающихся по содержанию и методам, различно ориентированных— на естествознание и науки о духе, происходит раскол единой науки, который явился одной из причин и характерной чертой открытого кризиса, разразившегося в психологии в начале второго десятилетия XX в..

Психологическая система Вундта включала изучение элементов (ощущений и чувствований), анализ связей между элементами и продуктов этих связей, исследование законов душевной жизни. В этой программе отчетливо выступает атомизм Вундта, характерный для ассоциативной психологии: простейшие элементы, сенсорные по своей природе, первичны, сложные образования вторичны. Однако Вундт борется с крайностями ассоцианизма: в продуктах ассоциаций он обращает внимание на возникновение нового качества, не сводимого к сумме свойств исходных элементов. Все ассоциации Вундт подразделяет на одновременные и последовательные, которые в свою очередь имеют несколько форм: одновременные существуют в форме слияния, ассимиляции — диссимиляции и компликации, последовательные — узнавания и воспоминания. За этими видами ассоциаций скрываются восприятие и память. Вундт борется с функционализмом старой психологии и рассматривает их как результат единого механизма ассоциаций. При этом ассоциации характеризуются как пассивный процесс, который протекает без активного участия субъекта. В психологии Вундта нет субъекта, нет личности: «... все психическое— это непрестанная смена явлений, постоянное возникновение и созидание... Нигде эти факты действительной душевной жизни не нуждаются в другом субстрате для своего истолкования, кроме того, который дан в нас самих»(СНОСКА: Вундт В. Очерки... С. 128. 184). Кроме ассоциативных, Вундт различает апперцептивные связи. Они складываются при активном участии сознания. Апперцепция — это особая функция сознания, которая проявляется в активности субъекта и внешне выражается во внимании. Из всей совокупности содержаний, находящихся в сознании, т. е. просто перцепируемых, апперцепция, или внимание, выделяет объект, вследствие чего его восприятие становится более ясным и отчетливым; оно входит в ясную точку сознания — апперципируется. Когда апперцепция направлена на выбор между разными основаниями в процессе подготовки к действию, она есть воля. Вундт сближает понятия апперцепции, внимания и воли и даже отождествляет их. Продуктом апперцепции являются апперцептивные сочетания представлений. Мышление и воображение выступают функциями апперцепции. Выступая объяснением сложных явлений душевной жизни, сама апперцепция не объясняется: ее источник в самом сознании.