В философском плане автономность рассматривается как проявление всеобщего свойства материи, ее расчлененности, которая существует на всех уровнях материального мира и носит противоречивый характер. Каждый объект сочетает в своем бытие как относительную независимость, так и относительную обусловленность. Ни один из объектов или процессов в природе не является абсолютно изолированным.

Специальное рассмотрение автономности как общего свойства целостных объектов содержится в работах В. К. Прохоренко. Суть автономности, по мнению автора, состоит в противоречии независимости и обусловленности. «Автономность есть ограниченная или относительная независимость (дополненная, следовательно, в ряде пунктов зависимостью, обусловленностью), т. е. неразрывное единство независимости и обусловленности. Противоречие автономности отражает одну из важнейших сторон структуры, ибо в иных терминах автономность сочетает полярности выделенности объекта из окружающей среды и его взаимосвязи с другими телами, а фактор выделенности объекта выступает как предпосылка его внешней целостности, с одной стороны, и как результат расчлененности более сложной системы, с другой стороны; фактор же взаимосвязи объектов является предпосылкой внутренней целостности той системы, в состав которой эти объекты входят» [52, с. 29—30]. Важным для конкретного научного исследования является так же положение В. К. Прохоренко о том, что автономность наиболее ярко выражена в системах управления. «Столь же трудно представить себе, — пишет он, — такую сложную систему управления, как организм человека, в которой управляемая и управляющая системы были бы нерасчлененными... В крупном плане расчленение управляющей (нервной) системы человека начинается с расчлененности нервной системы на центральную, управляющую в основном поведением организма по отношению к внешней среде, и вегетативную, регулирующую функционирование внутренних органов. Обе эти системы автономны, т. е. относительно независимы в своей управляющей деятельности, но ее оторваны одна от другой, а относительно взаимно связаны. Автономен каждый орган, каждая ткань и каждая клетка. Автономен и организм в целом. Уместно, по-видимому, говорить, что противоречие автономности в каждом конкретном случае имеет специфическую форму...» [52, с. 30].