По итогам выполнения учебных заданий осуществляется контроль, который также может быть безмашинным или машинным. При безмашинном контроле для формирования оценки используются простые приспособления (перфокарты, планшеты и т. п.), а при машинном — различные технические средства вплоть до ЭВМ. Наиболее распространенный метод организации контроля — альтернативный выбор правильного ответа из нескольких правдоподобных. Современные компьютеры позволяют вводить и анализировать самостоятельно сконструированные ответы (в виде предложений, слов, формул, различных знакосочетаний).

Характерной особенностью методов программированного обучения является то, что все они неразрывно слиты в едином учебно-педагогическом воздействии.

Главная функция обучающего контроля — контрольно-коррекционная, но при этом очень важно обеспечить органическое включение контроля в учебный процесс и достичь того, чтобы контроль стал не обособленным элементом учебного процесса, а одновременно выполнял обучающие, развивающие, воспитательные, побуждающие функции. В данном методе различают ряд модификаций, отличающихся между собой организацией контрольных срезов, основаниями для накопления информации, способами получения и обработки данных диагностических и тестовых измерений и т. д.

Устный контроль осуществляется путем индивидуального и фронтального опроса. Правильность ответов определяется учителем, комментируется. По итогам контроля выставляются оценки.

Письменный контроль выполняется с помощью контрольных работ, сочинений, изложений, диктантов, письменных зачетов и т. п., которые могут быть кратковременными и длительными, различаться глубиной диагностики (поверхностный срез или основательный анализ).

Лабораторный контроль направлен на проверку умений учащихся владеть лабораторным оборудованием, которое будет использовано на уроке; часто сочетается с письменными и графическими работами, решением экспериментальных задач, требующих проведения опытов.

Машинный (программированный) контроль при наличии электронновычислительной техники и контролирующих программ применяется на всех этапах изучения учебных предметов. Отличается высокой объективностью.