Проблема внебюджетных доходов вузов и их статуса как некоммерческих организаций также решена не до конца. Российский Закон "Об образовании" частично ее решает, разрешая вузам оказывать платные образовательные и другие виды услуг на коммерческой и некоммерческой основе. При этом некоммерческая уставная деятельность вузов освобождается от всех видов налогообложения (согласно статье 40 Закона). Однако в статье 43 сказано, что собственник фондов (основных и финансовых) вуза имеет право на часть доходов от платной деятельности вуза. Для государственных вузов это означает, что государство имеет право взимать налог на прибыль (доход) с любой платной деятельности вуза, в которой используются государственные материальные и финансовые средства (помещения, оборудование и др.), что противоречит зарубежной практике некоммерческого хозяйствования, где прибыль не может распределяться среди учредителей и собственников некоммерческой организации. В целом внебюджетный доход должен быть важным дополнительным средством социальной защиты вузовских коллективов.

Как показывают исследования, доля внебюджетных средств, взятая в среднем в едином фонде финансовых средств колеблется от 7 до 55%. Как правило, основная часть внебюджетных средств всех рассмотренных университетов формировалась за счет доходов от хоздоговорных НИР. Кроме того, имелись и безвозмездные поступления. Однако, необходимо иметь в виду, что значительная часть безвозмездных поступлений также связана с доходами вузов от хоздоговорных НИР. Она представляет собой оборудование, приборы и другие основные фонды, купленные вузами за счет средств хоздоговор и переданные на баланс университетов после завершения соответствующих тем НИР. Примерно 10% во внебюджетных доходах университетов составляет плату за подготовку специалистов по договорам с предприятиями и организациями.

Еще один источник во внебюджетных доходах занимали средства университетов, полученные от деятельности хозрасчетных предприятий и подразделений при вузах - в среднем около 2%. Анализ использования внебюджетных доходов показал, что основная их масса расходовалась на укрепление и развитие материально-технической базы, в среднем около 75%.

Важное место по значимости расходов внебюджетных средств занимают мероприятия по социальному развитию и социальной защите студентов и сотрудников - в среднем их доля в общих расходах внебюджетных фондов составляет около 10%. Оплата труда научно-педагогических и других работников университетов составляет в среднем около 11,5%. Расходы на аппарат управления составляют 2,5% от общих расходов внебюджетных фондов.