Второй важнейшей фазой развития личности Иосифа Сталина является период учебы в горийском церковном училище и в тифлисской духовной семинарии. Первым делом ему предстояло убедиться в том, что учителя столь же мало разборчивы в выборе воспитательных средств, сколь и отцы, поскольку также нуждаются в подобных переживаниях для укрепления своего слабого нарциссического Я. В еще большей степени ему это стало ясно в семинарии, жизнь в которой напоминала больше казарму, нежели студенческое общежитие. Тотальная слежка и стукачество монахов, раболепствовавших перед начальством и пытавшихся различными наказаниями достичь безоговорочного повиновения, породили в его душе еще один очаг ненависти. За счет этого в период полового созревания произошло возрождение той ненависти, которая была им преодолена в раннем детстве. Однако эта ненависть претерпела изменения в том смысле, что появился однозначный образ врага, ибо теперь подросток Джугашвили "имел право на свободную и дозволенную ненависть". Сначала аккумулируемая в нем ненависть была направлена только против монахов, непосредственно надзиравших за ним, но затем она распространилась и на других носителей авторитарной власти, таких, как офицеры и чиновники царского правительства. В то же самое время в нем усиливалось презрение к глупой и трусливой массе, безвольно терпевшей насилие авторитарной власти, что должно было пробуждать в нем бессознательные ассоциации с ролью матери в его собственной семье.

Семинарская жизнь, казавшаяся ему все более невыносимой, давала ему, тем не менее, практические наглядные примеры тех средств и методов, с помощью которых можно бороться с такими порядками. Средствами этими были хитрость, ложь и подозрительная сдержанность по отношению ко всем и каждому. Дочь Сталина Светлана полагала, что уже в те времена он "на основе своего семинарского опыта убедился, что люди грубы и нетерпимы, что духовные пастыри обманывают свою паству, для того чтобы крепче держать ее в руках, что они занимаются интригами, лгут и что у них очень много других пороков, но очень мало достоинств". По-видимому, еще будучи семинаристом, Сталин полностью принял идеи Маркса - основополагающая идея марксизма о том, что классовая борьба неминуемо должна привести к устранению продажного и прогнившего буржуазного общества, предоставляла ему возможность получить выход для накопленной им чудовищной ненависти против всех форм власти и утолить жажду мести.

В 1899 году, после исключения из семинарии по неизвестным причинам, начинается третья фаза формирования личности Сталина. Вот как комментирует это событие однокашник молодого Сталина по семинарии Иосиф Иремашвили: "Он... покинул семинарию, исполненный горькой и злобной ненависти к школьному начальству, буржуазии и всему тому, что было в стране воплощением царизма". Это свидетельствует о решительном намерении Сталина идентифицировать собственное Я Он сжег за собой все мосты и выбрал для себя жизненный путь профессионального революционера со всеми вытекающими из этого опасными последствиями. Таким образом у него завершился и компенсировался"юношеский кризис идентификации". На этапе поиска своего Я он должен был выстроить для себя идеализированный образ собственной личности и в дальнейшем стремиться максимально приблизиться к этому образу на практике. Образцом послужил ему Коба, кавказский аналог Робин Гуда, с которым в значительной степени идентифицировал себя молодой Сталин Подобное воображаемое слияние, выразившееся в том, что он выбрал для себя кличку Коба, должно было, скорее всего, послужить нарциссическому усилению его, к тому времени еще не вполне сложившейся, идентификации. В современной теории нарциссизма в подобных случаях принято говорить о формировании связи типа alter ego, подразумевая при этом размытие физических границ между собственно личностью и вторым партнером, в данном случае - кавказским героем Кобой, когда второй партнер воспринимается почти как близнец.