Все вышеуказанные тенденции в типологизации педагогических конфликтов касаются, в основном, конфликтов между учителем и учеником.

Правомерным является выделение некоторыми учеными типа педагогического конфликта, условно названного «организационным» или «структурным». Основным источником возникновения этого типа педагогических конфликтов являются недостатки в организации учебно-воспитательного процесса: отсутствие преемственности в содержании и организации обучения, существование четырех возрастных школьных периодов, как то: сложность адаптации к школе первоклассников, переход из начальной школы в среднее звено, высокая тревожность по поводу дальнейших перспектив обучения у девятиклассников, неподготовленность учащихся 11-х классов к взрослой, самостоятельной жизни (Н. И. Самоукина, М. Г. Битянова). С. М. Шурухт рассматривает структурные конфликты по 7-ми подгруппам, выделенным в соответствии с причинами, их инициирующими: конфликты, связанные с наличием, ограничением и распределением ресурсов; конфликты, обусловленные разным статусом участников учебно-воспитательного процесса, их различиями в правах; конфликты, вызванные наличием внутри школьного коллектива сложившихся референтных групп, нормы поведения и интересы которых вступают в острые противоречия с общественными нормами поведения и др. О серьезных упущениях в организации учебно-воспитательною процесса, являющихся одним из важнейших источников возникающих конфликтов в школе, пишут в своих работах С. В. Березин, Э. И. Бурнашева.

Интересными, на наш взгляд, являются исследования, в которых рассматриваются основные факторы, влияющие на конфликтность в коллективе, Так, например, Р. С. Вайсман получил результаты, согласно которым конфликтность зависит от величины коллектива и повышается, если эти размеры превышают оптимальные. Н. В. Голубева пишет о том, что конфликтность между подчиненными и руководителями выше, когда последние не принимают непосредственного участия в основной, профессиональной деятельности руководимого им коллектива, а выполняют лишь административные функции. По мнению Р. X. Шакурова и Б. С. Алишева, можно выделить две основные группы факторов, влияющих на конфликтность (или несовместимость) в педколлективе. Это объективные характеристики коллективной деятельности, выражающиеся прежде всего в ее содержании и способах организации, и психологические особенности его членов, как функциональные, так и нравственно-коммуникационные.