В 1907 году Юнг опубликовал исследование о раннем слабоумии (эту работу Юнг послал Зигмунду Фрейду), несомненно повлиявшее на Блейлера, который спустя четыре года предложил термин "шизофрения" для соответствующей болезни. В этой работе Юнг предположил, что именно "комплекс" отвечает за выработку токсина (яда), задерживающего умственное развитие, и именно комплекс напрямую направляет свое психическое содержание в сознание. В таком случае маниакальные идеи, галлюцинаторные переживания и аффективные изменения при психозе представляются как в той или иной степени искаженные проявления подавленного комплекса. Книга Юнга "Психология dementia praecox" оказалась первой психосоматической теорией шизофрении, и в дальнейших своих работах Юнг всегда придерживался убеждения о первичности психогенных факторов в возникновении этой болезни, хотя постепенно и оставил "токсинную" гипотезу, объясняясь в дальнейшем больше в терминах нарушенных нейрохимических процессов.

Встреча с Фрейдом обозначила важную веху в научном развитии Юнга. К моменту личного знакомства в феврале 1907 года в Вене, куда Юнг приехал после непродолжительной переписки, он был уже широко известен как своими опытами в словесных ассоциациях, так и открытием чувственных комплексов. Используя в опытах теорию Фрейда - его труды он хорошо знал, - Юнг не только объяснял свои собственные результаты, но и поддерживал психоаналитическое движение как таковое. Встреча дала начало тесному сотрудничеству и личной дружбе, продолжавшимся вплоть до 1912 года. Фрейд был старше и опытнее, и нет ничего странного в том, что он стал для Юнга, в некотором смысле, отцовской фигурой. Со своей стороны, Фрейд, воспринявший поддержку и понимание Юнга с неописуемым энтузиазмом и одобрением, уверовал в то, что наконец-то нашел своего духовного "сына" и последователя. В этой глубоко символической связи "отец - сын" росли и развивались как плодотворность их взаимоотношений, так и семена будущего взаимоотречения и размолвки. Бесценным даром для всей истории психоанализа является их многолетняя переписка, составившая полновесный том, том содержит 360 писем, охватывающих семилетний период и варьирующих по жанру и объему от короткой поздравительной открытки до фактического эссе в полторы тысячи слов.