Методологические знания эмпирического характера (методологическая эмпирия) формируются также в процессе конкретного специально-научного исследования как результат размышлений исследователя о применяемых им способах научного познания, то есть методологической рефлексии. Поскольку таким образом он прослеживает свое движение по избранному объекту, знания такого рода включаются в состав методологического обеспечения. Их особенность, однако, состоит в том, что, не будучи плодом специально планируемой методологической работы, они выступают как побочный продукт исследования, нацеленного на другой (специально-научный) объект. Они как бы привязаны к нему и не имеют поэтому общего характера. Сфера их применения ограничена задачами данного исследования.

Например, собственный опыт исследователя, полученный им при проведении констатирующего эксперимента, в ходе разработки способов формирования у учащихся познавательной самостоятельности, вряд ли пригодится другому, занимающемуся иной проблемой, допустим, теоретическим анализом формирования содержания образования. В последнем случае понадобятся общие методологические ориентиры, относящиеся к таким методам науки, как моделирование, конструирование идеальных объектов, применение системного подхода и т.п. Возможности непосредственного переноса опыта работы одного ученого на изучение другого объекта другим исследователем невелики.

Частью методологического обеспечения могут стать общие специально-научные теории, выполняющие методологическую функцию по отношению к частным теориям. Например, дидактика может иметь методологическую функцию по отношению к методикам, поскольку одно из ее назначений состоит в обеспечении единства подхода к содержанию и процессу обучения со стороны методик обучения разным учебным предметам. Ориентация на общие принципы обучения и формирования содержания образования необходима любому ученому-методисту, какой бы учебный предмет он ни представлял. При этом дидактика не становится «методологией методики», она сохраняет статус специально-научной педагогической теории обучения.