Для того чтобы определить место методологии в общей системе методологического знания, нужно учесть, что различают несколько уровней методологии. Содержание первого из них - философские знания. Второй уровень общенаучная методология (системный подход, деятельностный подход, характеристика разных типов научных исследований, их этапы и элементы: гипотеза, объект и предмет исследования, цель, задачи и т.д.). Третий уровень - конкретно-научная методология, то есть совокупность методов, принципов исследования и процедур, применяемых в той или иной специальной научной дисциплине, например, в педагогике. Методология специальной науки включает в себя как проблемы, специфические для научного познания в данной области (например, соотношение педагогики и психологии), так и вопросы предыдущих уровней, например, системного подхода или моделирования в их применении к педагогике. Некоторые ученые выделяют также четвертый уровень, образуемый методикой и техникой исследования.

Зачем нужно знать методологию, видно сразу - без методологических знаний невозможно грамотно провести педагогическое или любое другое исследование. Такую грамотность дает овладение методологической культурой, в содержание которой входят: методологическая рефлексия (умение анализировать собственную научную деятельность), способность к научному обоснованию, критическому осмыслению и творческому применению определенных концепций, форм и методов познания, управления, конструирования.

Однако методологическая культура нужна не только научному работнику. В более общем смысле можно утверждать, что методологическая культура - это культура мышления, основанная на методологических знаниях, необходимой частью которой является рефлексия. Такая культура нужна практике не меньше, чем науке. Мыслительный акт в педагогическом процессе направлен на разрешение возникающих в этом процессе проблем, и здесь нельзя обойтись без рефлексии, то есть размышлений о собственной деятельности.