Эти данные сейчас объясняют не синтезом РНК, в которой последовательность нуклеотидов не предшествовала ранее в клетке (например, в ДНК), а тем, что синтез определенной РНК (мРНК) отражает включение определенной комбинации экспрессированных участков генома. Иными словами, обучение объясняется не синтезом РНК, а активацией участков генома, ответственных за метаболизм нуклеиновых кислот и синтез «белков обучения».

Каким образом осуществляется избирательная активация определенной комбинации генов, отражающей ту или иную информацию, остается пока неясным. Существуют предположения, что нейромедиаторы, а также отдельные нейропептиды и нейрогормоны (типа АГТГ) могут проникать непосредственно внутрь ядра нейрона и включать модификацию белков хроматина и РНК, энзиматическое метилирование и избирательный синтез ДНК.

Из литературных источников известно, что существенное усиление процессов метилирования и синтеза ДНК после обучения достигает максимума к 2-3 ч и нормализуется через несколько суток. Исследователи считают, что метилирование ДНК можно рассматривать как один из эпизодов модификации ДНК, причем такая модификация ДНК может быть пожизненной [3].

По мнению И.П. Ашмарина [3], даже наиболее устойчивые из известных белков организма имеют период полураспада (сутки, месяцы). Следовательно, в процессе фиксации памяти, включения в мембрану нейрона специфических белков, кодирующих новую информацию, должен одновременно запускаться какой-то механизм их обновления по устойчивому коду. Запись информации выступает как феномен включения (или выключения) участков генома, т. е. как усиление и модификация ДНК при обучении, активации и инактивации генов, ответственных за синтез и обновление белков, устойчиво изменяющих проводимость синапсов. Идея о возможности устойчивого включения — выключения (экспрессии-депрессии) генов, модификации ДНК метилированием-деметилированием была высказана Жакобом и Моно и до сих пор дискутируется.