Исследователи, следующие по пути поиска непосредственного химического кода приобретаемого навыка, предполагают, что в мозге может содержаться достаточное количество пептидов, чтобы обеспечить всю информацию, накапливаемую в течение жизни и оцениваемую в 10¹⁵ битов, поскольку, если пептиды имеют 15 аминокислотных остатков, как скотофобин, то может существовать 20¹⁵ пентадекапептидных цепочек, что значительно больше требуемого количества.

Положительные результаты опытов по «транспорту памяти» при помощи мозговых экстрактов одними исследователями интерпретировались как свидетельство о специфичности переноса навыка, как признание существования специфического (содержательного) химического кода определенного навыка, другими исследователями рассматривается как следствие общего облегчения консолидации следов памяти, как процесс переноса каких-то неспецифических субстратов обучения (возможно, пептидной природы), оказывающих модулирующее (регулирующее) влияние на эффективность синаптической передачи, способных модифицировать процесс обучения и памяти.

Большинство ученых считают, что гипотезы молекулярного кодирования индивидуального опыта не имеют прямых фактических доказательств. И хотя установлен факт существенной роли нуклеиновых кислот и белков в механизмах научения и памяти, однако в экспериментах, как правило, наблюдалось либо изменение белкового синтеза при обучении, либо существенное влияние ингибирования синтеза белков в нейронах на процесс формирования и закрепления следа памяти. Предполагается, что принимающие участие в формировании новой ассоциативной связи РНК и белки специфичны лишь по отношению к функциональному изменению задействованных синапсов и неспецифичны относительно самой информации.

В последние годы все большее внимание привлекает другая группа гипотез. По мнению авторов этих гипотез и их многочисленных сторонников, энграмму следует рассматривать как многонейронную систему, в которой хранение информации осуществляется за счет временных и пространственных межнейронных связей со стабильно повышенной эффективностью синаптической передачи. В основе стабильного повышения эффективности синаптической передачи, т. е. поддержания памятного следа выше «порога считывания», лежат изменения хемореактивных свойств церебральных нейронов, вовлекаемых в формирование энграммы, — структурный след памяти. При этом в интегративной деятельности нейрона сохраняется информационная значимость приходящих к нервной клетке гетерогенных возбуждений. В дифференцировке функционально различных синаптических связей участвует генетически закрепленный метаболизм нейрона, специфически развертывающийся по отношению к разным синапсам. В связи с этим со всей очевидностью выступает актуальность исследований роли молекулярно-генетического аппарата в специфической деятельности нейрона. Идея о внутриней-роналъном преобразовании синаптических возбуждений оказала плодотворное влияние на изучение молекулярных механизмов интегративной деятельности нейрона, механизмов метаболических процессов, обеспечивающих прием и внутриклеточное опосредование приходящей синаптической и нейрогуморальной информации. Для развития этих идей чрезвычайно важным оказалось открытие нескольких уровней регуляции синаптических связей между нейронами: участие вторичных посредников, фосфорилирование рецепторных белков и транссинаптическая индукция энзимов (ферментов), связанная с избирательной экспрессией генов нейрона.