Дифференцированное торможение является важным механизмом в деятельности мозга, способствующим различению сигналов. Тонкое различение сигнального раздражителя происходит в результате неподкрепления посторонних стимулов, близких по своим параметрам условному сигналу. Развитие этого вида торможения идет постепенно (в три этапа). Когда на фоне выработанного условного рефлекса применяется дифференцировочный (новый) раздражитель, то часто он тоже вызывает условный ответ, хотя и с меньшим эффектом, чем условный подкрепляемый стимул. Это связано с тем, что дифференцировочный раздражитель, как всякий новый стимул, вызывает ориентировочный рефлекс, который обусловливает внешнее торможение условного ответа (I этап). По мере дальнейшего попеременного применения условного и дифференцировочного раздражителей ориентировочная реакция на сходный раздражитель исчезает, вследствие чего условные реакции на оба стимула выравниваются (II этап). Затем на неподкрепляемый дифференцировочный раздражитель условная реакция угасает (III этап). Дифференцировка (различение) стимулов вырабатывается тем быстрее и легче, чем отдаленнее сходство между раздражителями. При очень близких сигналах дифференцировка может совсем не образоваться в результате первичного дефицита информации, воспринимаемой организмом.

Запаздывателъное торможение образуется при выработке запаздывающих и следовых условных рефлексов, когда условный сигнал значительно опережает подкрепление. С помощью этого вида внутреннего торможения рефлекторная реакция может быть приурочена к моменту предъявления подкрепления. Развитие этого торможения происходит во время изолированного (опережающего) действия условного стимула. Постепенно условная реакция смещается во времени ближе к моменту появления подкрепления. Запаздывательное торможение, т. е. способность нервной системы к «экономному» режиму работы, проявляется различно у возбудимых и инертных животных [27]. У возбудимых животных Запаздывательное торможение развивается труднее и медленнее [43].