Выше была отмечена целесообразность различения случаев поверхностного контактирования языков, приводящих к заимствованиям, по существу не затрагивающим внутренней структуры языка, и случаи более глубокого языкового проникновения, так или иначе отражающиеся на структуре языка (последние обычно сопровождаются соответствующим этногенетическим процессом), при наличии которых принято говорить о языковом смешении. В последних случаях с ассимилируемым языком соотносятся разработанные в языкознании понятия субстрата, суперстрата и несколько реже встречающееся понятие адстрата. Субстратом принято называть язык-подоснову, элементы которого растворяются в наслаивающемся языке (например, дравидийский субстрат для индийских языков, кельтский и др. — для романских, «азианический» — для армянского). Под суперстратом, напротив, понимается язык, наслоившийся на какой-либо другой, однако с течением времени растворившийся в последнем (например, германский язык франков в отношении французского, романский язык норманнов в отношении английского). В качестве адстрата квалифицируется ассимилирующийся территориально смежный язык (для обозначения тесного контакта двух языков с взаимопроникновением структурных элементов предложен термин «интерстрат»).

Хотя самое понятие языкового субстрата впервые было сформулировано, по-видимому, еще в 1821 году Бредсфордом, его конкретная разработка прежде всего связывается с именем итальянского лингвиста Дж. Асколи, положившего начало рассмотрению роли субстрата в формировании романских языков [137; 160]. Для правильной квалификации элементов смешения при этом необходимо иметь в виду, что если для этнического субстрата сохраняемые элементы языка-подосновы являются пережиточными («реликтовыми»), то в составе наслаивающегося языка-победителя они должны быть охарактеризованы как благоприобретенные. Воздействие субстрата, нарушающего в той или иной мере действие внутренних закономерностей развития языка, распространяется на все стороны языковой структуры. Поэтому, например, наличие определенного лексического слоя, включающего ономастику и<295> даже топонимику, становится в этой смысле показательным только при очевидных следах субстрата в фонологии и грамматике. Поскольку структурные сдвиги, обусловленные давлением со стороны другой языковой системы, происходят очень медленно, заданные субстратом импульсы могут находить свою реализацию спустя очень длительное время имплицитного существования в языке [43, 452—453; 46, 70]. В некоторых случаях с субстратным фактором может быть связано становление языковых семей. Так, очевидна его роль в трансформации латинского языка в современные романские. Как результат некоторого языкового союза, образовавшегося путем наложения языков завоевателей, говоривших на «протосанскритских»  наречиях, на местные языки различного происхождения, В. Пизани рассматривает индоевропейскую семью в целом [55; 104, 245—254]. Сходные идеи еще большей популярностью пользуются в уральском языкознании [157]. Однако, несмотря на то обстоятельство, что гипотезы о воздействии субстрата во многих конкретных случаях дают вполне удовлетворительное объяснение особенностям исторического развития языков, как справедливо отмечали еще А. Мейе и О. Есперсен, к ним следует прибегать с большой осторожностью, так как неизвестность в большинстве случаев предполагаемого субстратного языка не позволяет верифицировать эти гипотезы.