Цереброспинальная жидкость циркулирует по системе желудочков, а из четвертого желудочка через крошечные отверстия уходит в подпаутинное (субарахноидальное) пространство, окружающее мягкую мозговую оболочку. Там, где субарахноидальное пространство расширяется больше, чем обычно, жидкость собирается в так называемые цистерны. Самая большая цистерна расположена на границе с шеей и называется большой цистерной. У новорожденного общий объем цереброспинальной жидкости равен всего лишь нескольким каплям, а у взрослого достигает 100 - 150 миллилитров.

Так как цереброспинальная жидкость постоянно поступает в желудочки, она должна каким-то образом оттекать из мозга. В паутинной оболочке существуют маленькие участки, которые называются паутинными ворсинками. Эти ворсинки обильно снабжены кровеносными сосудами, в которые и всасывается цереброспинальная жидкость. Следовательно, существует система активной циркуляции жидкости между сосудистыми сплетениями желудочков головного мозга, где она образуется из крови, и кровью, куда цереброспинальная жидкость всасывается ворсинчатыми сосудами, пройдя через желудочки.

Всегда существует возможность возникновения препятствий на пути циркуляции цереброспинальной жидкости. Например, путь оттока может быть блокирован опухолью мозга, которая сдавливает выход из какого-либо желудочка. В сосудистых сплетениях будет образовываться жидкость, которая, поступив в блокированный желудочек, не найдет выхода. Давление в желудочке будет повышаться, и это повышение может привести к повреждению ткани мозга. Воспаление мозговых оболочек (менингит) также может привести к блокаде оттока жидкости, что закапчивается столь же плачевно. В таких случаях возникает состояние, называемое гидроцефалией (от греческих слов hydr - «вода» и cephalon - «голова»), или, проще говоря, водянкой головного мозга. Это состояние особенно опасно, если возникает в раннем младенческом возрасте вскоре после рождения, до того, как череп успевает полностью окостенеть. Повышение внутричерепного давления в таких случаях приводит к уродливому увеличению черепной коробки.