Важным моментом в процессе онтогенеза является то, что каждый этап (событие) ограничено временными рамками, т.е. определённые гены функционируют ограниченное время. Поэтому любые нарушения процессов в клетке (развивающемся организме), вызванные в этот момент воздействием химического вещества, радиации и т.п., приводят к необратимым последствиям для развития организма. Такие периоды обозначают, как критические моменты.

В результате после рождения (вылупления и т.п.) у особи могут наблюдаться значительные фенотипические отклонения (нарушения метаболизма, отсутствие или деформация органа и т.п.), которые иногда полностью оказываются несовместимыми с дальнейшей жизнью.

У человека такие нарушения могут быть вызваны, как приёмом лекарственных средств, использованием в быту химических веществ (напр., красителей), так и вызваны вирусными заболеваниями матери в период беременности.

В этой связи говорят о модификациях, вызванных действием внешних условий на развитие организма. При этом явление полного доминирования может замениться на неполное (так, у одного из видов примулы при температуре окружающей среды в 15-20 о С образуются розовые цветки, а при более высокой – 30-35 о С – белые).

Ряд модификаций носит адаптивный характер, что обеспечивает лучшие возможности для выживания организма. При этом различают морфозы, т.е. модификационные изменения фенотипа определённого характера вне зависимости от вида воздействующего фактора. Так, напр., гигантские растения можно вырастить как путём их небольшой обработки радиоактивным излучением, так и простым добавлением азотных и иных удобрений в почву.

Фенокопии, которые также появляются под воздействием внешних условий и представляют собой разновидность морфозов, фенотипически похожи на изменения, вызываемые мутациями отдельных генов.

Причины всех модификаций лежат в нарушении трёх выше обозначенных процессов. При этом организм пытается противостоять таким нарушениям, прежде всего, путём синтеза так называемых «белков теплового шока», количество которых может достигать 10% общего белка клетки. Основная функция таких белков – восстановить «правильную» структуру работающих и вновь синтезируемых белков и ферментов.