Однако в Базеле археология не преподавалась, а в другом университете Юнг учиться не мог - скромную стипендию ему могли выплачивать лишь в родном городе. Сегодня спрос на выпускников естественно-научных и гуманитарных факультетов университета велик, но в конце прошлого века ситуация была иной. Профессионально заниматься наукой могли лишь материально обеспеченные люди, кусок хлеба гарантировали теологический, юридический и медицинский факультеты. Юриспруденция была Юнгу совершенно чужда, протестантская теология вызывала отвращение, тогда как медицинский факультет наряду с профессией, позволявшей выбраться из нищеты, давал и сносное естественно-научное образование.

Как и в гимназии. Юнг отлично учился в университете, вызывая удивление своих сокурсников тем, что помимо учебных дисциплин он отдавал много времени изучению философии. До последнего года обучения он специализировался по внутренним болезням, ему уже было обеспечено место в престижной мюнхенской клинике. В последнем семестре нужно было сдавать психиатрию, он открыл учебник и прочитал на первой странице, что психиатрия есть "наука о личности". "Мое сердце неожиданно резко забилось, - вспоминал Юнг в старости. - Возбуждение было необычайным, потому что мне стало ясно, как при вспышке просветления, что единственно возможной целью для меня может быть психиатрия. Только в ней сливались воедино два потока моих интересов. Здесь было эмпирическое поле, общее для биологических и духовных фактов, которое я искал повсюду и нигде не находил. Здесь же коллизия природы и духа стала реальностью"4. Человеческая психика является местом встречи науки и религии, конфликт между ними преодолим на пути подлинного самопознания. Тут же было принято решение, которое удивило всех - психиатрия считалась самым непрестижным для медика занятием, хотя бы потому, что все успехи медицины в XIX в. не привели к заметным результатам в лечении психических заболеваний. После окончания университета Юнг переезжает в Цюрих, начинает работать в клинике Бургхёльци, руководимой видным психиатром Э.Блейлером.