В условиях интегрированного обучения может возникнуть кризис взаимоотношений учащихся, чему поспособствует отрицательная динамика представлений о детях с особенностями психофизического развития, основывающаяся на низком уровне их познавательных возможностей и трудностях в обучении. Замкнутость этих детей, инактивность усиливают их изолированность. Имеются и другие объективные предпосылки, а именно: неудовлетворенность во взаимоотношениях из-за ограниченности социального опыта учащихся с отклонениями в развитии, что делает их малоинтересными. В свою очередь дети с особенностями психофизического развития могут испытывать информационный голод во взаимоотношениях с другими учениками из-за незнания последними личностных и индивидуальных особенностей своих сверстников, имеющих определенные отклонения. Симптомами кризиса взаимоотношений являются: повышенная тревожность в общении, негативный характер общего эмоционального фона взаимоотношений, проявление агрессии, нетерпимости, возбудимости. Можно предположить, что кризис взаимоотношений будет наблюдаться только в первоначальный период совместного обучения, в дальнейшем взаимоотношения наладятся. Но кризис взаимоотношений, носящий скрытый характер, может проявляться и в последующем. Исследования свидетельствуют, что индекс изолированности отдельных учащихся с особенностями психофизического развития остается высоким на протяжении всего периода обучения. Школьники приобретают более глубокие познания о сверстниках с отклонениями в развитии, об их возможностях в различных видах деятельности и предпочитают общество более успешных учеников. В этом случае кризис завуалирован. Внешне учащиеся не проявляют недоброжелательности, но не проявляют и стремления к общению и сотрудничеству. Ситуация может быть несколько обострена, но тем не менее она отражает объективную реальность, обязывающую вести поиск выхода из кризиса. Он возможен только при планомерной и системной работе.

Прогнозируется долгосрочность реализации программы интеграции, что означает пропаганду положительного опыта, анализ системы психолого-педагогической поддержки процесса интеграции и успехов отдельных интегрируемых учащихся. Между специальными школами и общеобразовательными учреждениями с классами интегрированного обучения нужна преемственная связь. Прежде всего ученику обеспечивается возможность перехода из одного учреждения образования в другое. Это позволит мобилизовать ресурсы каждого учреждения и расширить его возможности. Опыт коррекционной работы может быть позаимствован из арсенала специальной школы, опыт включения в социальное взаимодействие — из опыта общеобразовательной массовой школы.