В 1861 г. был создан новый высший орган — Совет министров, председателем которого считался император. Комитет министров сохранялся, но он рассматривал главным образом текущие дела. Совету министров поручалось рассмотрение наиболее важных государственных вопросов. В его состав входили министры, начальники главных управлений, председатель Комитета министров, председатель Государственного совета, другие высшие чиновники. Несмотря на свое название. Совет министров не являлся правительством. Он имел только совещательное значение. Никакой самостоятельностью в решении вопросов государственного управления Совет министров не обладал.

Ослабевает значение Государственного совета, члены которого назначались пожизненно и вели себя иногда относительно независимо, что не нравилось Александру III. Он при решении большинства государственных вопросов опирался на Комитет министров, который и становится в это время основным совещательным органом.

Высшим судебным органом страны продолжал оставаться Сенат. Он постепенно превращался в своеобразную богадельню. В него назначались потерявшие способность к работе в других сферах государственного управления высшие и средние чиновники. В Сенате они, получая солидные денежные вознаграждения, практически ничего не делали.

После крестьянской реформы 1861 г. усилилась роль Министерства финансов. На него возлагалось проведение выкупных операций по всей стране. В связи с этим в составе Министерства финансов создается специальное Главное выкупное учреждение, которое и наблюдало за тем, чтобы крестьяне своевременно выплачивали долги за полученные ими земельные наделы.

Поскольку Россия вступила на путь капиталистического развития, то требовалось усиление деятельности правительственных органов по руководству промышленностью и торговлей. Возникла необходимость поощрять развитие частного капитала. Эта деятельность называлась попечительством. В аппарате Министерства финансов образовался департамент торговли и мануфактур. Он руководил казенной промышленностью, т. е. предприятиями, которые принадлежали государству и лично царю. Кроме того, этот департамент оказывал финансовую помощь частной промышленности.