Подчинение церкви государству усилилось в XVIII в. Петр I, воспользовавшись смертью патриарха Адриана, решил вообще не избирать нового патриарха, а учредил лишь должность местоблюстителя патриаршего престола, назначив на этот пост верного ему человека — молодого рязанского епископа Стефана Яворского. Вслед за тем был вновь учрежден Монастырский приказ, созданный, а затем упраздненный еще Алексеем Михайловичем. Но теперь Монастырский приказ получил более широкие полномочия. Он стал управлять всем хозяйством русской православной церкви, причем часть доходов от громадных церковных имуществ шла на содержание церкви, а остальное — на государственные нужды. Больше того, церковь была обложена разного рода государственными повинностями и податями.

При Петре I была создана и духовная коллегия, названная затем Синодом и подчиненная Сенату. Она стала государственным органом управления церковью. При преемниках Петра Великого статус и экономическое положение церкви неоднократно менялись в ту и другую сторону, но при Екатерине II церковь была полностью поставлена под контроль государства, стала по существу государственным органом, а ее имущество было отобрано в пользу казны. Все церковные иерархи были посажены на государственное жалованье, которое платилось из доходов от бывших церковных имуществ. На это тратилась примерно треть доходов, а больше половины их просто шло в казну. Для заведования церковными землями и крестьянами была создана Коллегия экономии, а такие крестьяне стали именоваться экономическими. Екатерина II и Павел I не стеснялись раздавать часть бывших церковных земель своим приближенным.

В конце XVIII в. одновременно с губернской реформой был пересмотрен состав епархий, при этом территория епархии стала совпадать с губернской. (СНОСКА: См.: Никольский Н.М. История русской церкви. М., 1985. С. 207.)

В эпоху абсолютизма церковь сделала следующий шаг и в признании богопомазанности монархов. Теперь царь признавался наместником бога на земле и главой православной церкви.