Тесные связи также существуют между специальной и медицинской или клинической психологией. На первоначальных этапах становления их предметное содержание не всегда было четко разделено. Можно сказать, что в начале XX в. они составляли единую научную дисциплину, которую иногда обозначали термином «патологическая психология». Некоторые авторы и сегодня отождествляют их. Подобная точка зрения не вполне верна, хотя между специальной и медицинской психологией существует много общего. Основной проблемой медицинской психологии является вопрос о влиянии того или иного заболевания на функционирование психики, равно как и роль психики в процессе лечения заболеваний. Предметное содержание специальной психологии связано с разными вариантами отклоняющегося психического развития, которые не рассматриваются в качестве нозологических единиц. Другое существенное отличие состоит в том, что медицинская психология рассматривает человека в клиническом контексте, в процессе лечения. В специальной психологии иной контекст — социальный, то есть обучение, воспитание, профессиональное самоопределение. Разные контексты связаны с разной направленностью приложения психологических знаний. Медицинская психология обслуживает сферу здравоохранения, специальная — сферу коррекционного образования. Указанные отличия не отрицают существования областей и зон взаимодействия между двумя науками. Особенно тесные связи у специальной психологии устанавливаются с одним из наиболее разработанных разделов медицинской психологии — нейропсихологией. Последняя занимается изучением нарушений высших психических функций при локальных поражениях мозга. Как известно, для многих детей с отклонениями в развитии характерно наличие резидуальных органических патологий мозга. Именно поэтому использование основных принципов и методов нейропсихологии при изучении этих детей оказалось весьма продуктивным и перспективным.

Специальная психология также контактирует с рядом клинико-биологических наук: нейрофизиологией, невропатологией, детской психиатрией, офтальмологией, оториноларингологией, медицинской генетикой и др. Знания о структурно-функциональных основах организации психической деятельности углубляют представления о природе нарушений психического развития. Многочисленные психические и нервные заболевания, как и заболевания органов зрения, слуха и речевого аппарата, могут стать причинами отклонений в развитии. Именно поэтому клинические сведения из перечисленных дисциплин так важны для построения теории специальной психологии. Сказанное, безусловно, не означает отождествление клинического и психологического подходов, ибо клинициста (врача) прежде всего интересуют симптомы и синдромы заболевания как внешние проявления внутреннего патофизиологического процесса. Психолог же, по справедливому мнению В. В. Лебединского, за клиническими симптомами ищет механизмы нарушений нормальной психической деятельности или психологические реакции на эти симптомы. Таким образом, клинический и психологический анализы обращены к разным уровням изучаемого явления — физиологическому и психологическому, каждый из которых при всем их единстве обладает выраженной спецификой, собственными закономерностями и несводим к другому.