Фонемный анализ, в отличие от фонематического восприятия, предполагает отделение звуковой оболочки слова от значения, выделение в ней далее неразложимых единиц и порядка их следования, сопоставление звуковых форм слов и выяснение их сходства и различия, соотнесение различий в значениях слов с различиями в их фонемном составе. Только на основе фонемного анализа может быть сформировано знание о фонемном составе языка, системе фонем и тех основных противопоставлениях, которые характерны для данного языка.

Для того чтобы разработать систему обучения детей фонемному анализу, необходимо предварительно решить три вопроса.

Первый вопрос. Что должно быть  объектом фонемного анализа?

Здесь возможны три ответа: слово в  целом как элементарная единица общения;                     структурно-морфемные    части слон как носители возможных сообщений; артикуляторно-произносительные части слов — слоги. «В  полном слове,— пишет Н.  И.    Жинкин,— всегда есть точная последовательность звуковых элементов. В морфеме же встречается и переменная последовательность. Так, формы слова взять и возьму мало похожи по звуковому составу. Звук з расположен в разных местах этих форм слова. С другой стороны, звукосочетание воз входит в состав формы совсем другого слова, имеющего другое значение (воз, воза, возу). Это значит, что морфемы нельзя различать только по составу и порядку их звуков. В одной и той же морфеме при составлении полных слов одни звуки могут заменяться другими и располагаться в разных по порядку местах полного слова. Полное же слово может быть отличено от другого полного слова только по звуковой последовательности (подчеркнуто мною.— Д. Э.) (за редкими исключениями, например, печь баранки и топить печь)».

Н. И. Жинкин указывает, что речевой звук дифференцируется только в системе слова. Лишь тогда из него могут быть выделены те постоянные признаки, которые свойственны ему, независимо от окружающих звуков и силовых позиций слова.

Таким образом, только в целых словах фонема может быть ясно вычленена на основе своей функции.