Формирование и развитие отечественной философской мысли не прерывалось в годы монгольского ига. В ХIII-ХIV веках развивается агиографическая (житийная) литература. За ее религиозной оболочкой скрывалась сильная и самобытная мысль, исследовавшая вопросы мироздания. В XV-XVII веках философская мысль переживает подъем. В это время усиливается влияние на нее православной, византийской и западной мысли. Важной составляющей отечественной культуры этого периода является исихазм (от греч. исихия - безмолвие) религиозно-мистическое учение, культивировавшее безмолвную молитву, духовное сосредоточение. Один из крупнейших представителей исихазма - Григорий Палама, византийский мистик XIV века. Противопоставляя Бога и мир, исихазм понимал мир как несотворенную энергию. Веру в Бога необходимо дополнить постижением энергии мистическим опытом, соединением души и энергии. Исихазм оказал влияние на крупнейшего представителя движения «нестяжателей» Нила Сорского (1433-1508) и философа XVI века Максима Грека (1470-1556); влияние исихазма прослеживается и в последующем развитии русской философской мысли, в ее склонности к мистико-интуитивному познанию.

Борьба западных и восточно-христианских влияний отразилась в ересях XV-XVI веков, в борьбе «нестяжателей» и «иосифлян», в церковном расколе XVII века, ставших значительными событиями в истории отечественной духовной культуры.

В России XVI-XVII веков получила развитие также общественно-политическая мысль. Прежде всего, эта концепция старца Филофея «Москва - третий Рим» (первая половина XVI века). В соответствии с ней два «Рима» (Древний Рим и Византия) пали, не приняв христианство или изменив ему. Носителем истинной веры стала Москва - третий и последний Рим. Отсюда следует мессианская роль Москвы. В учении затронуты важные проблемы философии истории. В ХVII веке Москва стала центром притяжения для мыслителей из славянских стран. Хорват Ю. Крижанич (XVII век) выдвинул идею самобытного славянского мира, противостоящего другим культурам. Мыслитель разработал фундаментальную классификацию всех видов знания, выяснял соотношение мудрости, знания и философии, считал философию высшей ступенью познания и по праву вошел в ряд отечественных философов.