Мы работали на Урале в течение трех лет, затем нас перевели обратно в Москву, где мы продолжали эту работу до окончания войны. В этот трагический для страны период мы имели возможность — вследствие большого числа мозговых ранений — углубить наше понимание мозга и мозговой организации психических процессов. Именно во время войны и ближайший послевоенный период нейропсихология превратилась в самостоятельную отрасль психологической науки.

Мои довоенные исследования оказались неоценимой отправной точкой для нашей работы. Но необходимо было расширить сферу наших исследований, чтобы охватить различные, в том числе и обширные, поражения мозга, ставшие обычными вследствие применения новых взрывчатых веществ, и обеспечить рациональную основу для восстановления психических функций. Хотя внешне эти две задачи казались различными, логика нашего подхода требовала совмещения диагностики и описания природы мозговых поражений с различными реабилитационными и терапевтическими методами, требующимися для лечения разных форм поражений мозга.

В некоторых случаях мы применяли фармакологические средства, растормаживающие пострадавшие функции. Особенно полезными эти средства были тогда, когда нужно было ускорить выздоровление. Наилучшее результаты наблюдались при особых «шоковых состояниях», приводивших к затормаживанию определенных областей мозга. Однако, как правило, наши основные методы восстановления функций требовали сочетания химической терапии с программой специального восстановительного обучения. Одной из областей, в которой мы разработали тренировочные методы для реорганизации психических функций, было письмо.

Исследования Н. А. Бернштейна показали, что любое организованное движение образует сложную функциональную систему, включающую определенный набор мышц, обеспечивающих данный вид движения. Движения типа ходьбы, бега, игры в футбол и т.д. осуществляются мышцами ног, но в каждом случае система мышечной активности является иной. Более того, если некоторые мышцы, обычно вовлекаемые в локомоцию, разрушаются, то движение может быть компенсировано применением других мышц, оставшихся интактными. При серьезной травме можно снабдить существующие мышцы добавлением протезов, которые могут быть включены в двигательную функциональную систему для обеспечения если и не нормальной, то достаточной локомоции.