Причинами олигофрении могут быть различные факторы экзогенного (внешнего) и эндогенного (внутреннего) характера, вызывающие органические нарушения головного мозга. К экзогенным факторам относятся различные инфекционные заболевания матери в период беременности (вирусные заболевания, краснуха, болезнь Боткина, токсоплазмоз и др.), различные родовые травмы (например, асфиксия и др.).

Эндогенные отрицательные факторы приводят к врожденной олигофрении. К ним относятся патологическая наследственность (венерические и некоторые другие заболевания родителей), умственная отсталость обоих или одного из родителей, нарушения хромосомного набора (хромосомные аберрации), заболевания эндокринной системы (например, фенилкетонурия), несовместимость состава крови матери и ребенка по резус-фактору и др.

Особо следует отметить связь между такими асоциальными явлениями, как алкоголизм, наркомания и токсикомания родителей, и появление в этих семьях детей с различными нарушениями (в том числе и умственно отсталых). Алкоголизм и наркомания могут быть причиной умственной отсталости как экзогенного, так и эндогенного характера. В первом случае продукты распада алкоголя и наркотиков (токсины) благодаря общей системе кровообращения матери и плода через плаценту попадают в организм ребенка и отравляют развивающийся плод. Во втором случае длительное употребление алкоголя и наркотиков (а также их заменителей) вызывает необратимые патологические изменения в генетическом аппарате родителей и является причиной хромосомных и эндокринных заболеваний ребенка.

Специальными клиническими исследованиями было установлено, что при олигофрении ведущим симптомом является диффузное поражение коры больших полушарий головного мозга. Имеет место также и качественное нарушение нейродинамических процессов в коре головного мозга.

Диффузное поражение коры головного мозга не исключает в ряде случаев ее отдельных локальных нарушений. Все это обусловливает разнообразие нарушений в познавательной деятельности детей-олигофренов, их эмоционально-волевой сфере.