Еще одной из основных государственных функций в области охраны окружающей среды, осуществляемой по единой государственной системе в РФ, является экологический мониторинг. Государственный учет, ведение кадастровых сведений и осуществление мониторинга тесно связаны между собой. Федеральный закон "Об охране окружающей среды" в ст. 1 определяет мониторинг окружающей среды (экологический мониторинг) как комплексную систему наблюдений за состоянием окружающей среды, оценки и прогноза изменений состояния окружающей среды под воздействием природных и антропогенных факторов, а государственный мониторинг окружающей среды (государственный экологический мониторинг) - как мониторинг окружающей среды, осуществляемый органами государственной власти Российской Федерации и органами государственной власти субъектов Российской Федерации в соответствии с их компетенцией.

Как видно из определения, не без помощи мониторинга осуществляется как ведение государственных кадастров, так и учет негативного воздействия соответствующих источников.

В свое время было принято постановление Правительства РФ N 1229 от 24 ноября 1993 г. "О создании Единой государственной системы экологического мониторинга". Сегодня оно признано утратившим силу в связи с утверждением Положения об организации и осуществлении государственного мониторинга окружающей среды (государственного экологического мониторинга) постановлением Правительства РФ от 31 марта 2003 г. N 177.

Видами государственного мониторинга являются: фоновый, социально-гигиенический, мониторинг водных объектов, экологический мониторинг состояния внутренних морских вод и территориального моря, мониторинг состояния исключительной экономической зоны, мониторинг атмосферного воздуха, мониторинг состояния недр, мониторинг экологической системы озера Байкал, мониторинг земель, мониторинг мелиорированных земель, мониторинг лесов, мониторинг объектов животного мира, мониторинг радиационно-опасных объектов и территорий и ряд других.