Кроме мировоззренческих, были и чисто научные причины произошедших изменений. С одной стороны, развитие психологии показало невозможность применения к ней естественнонаучных методов в полном объеме, в особенности к исследованию явлений гипнотизма, бессознательных структур психики. С другой стороны, успех философии А.Шопенгауэра и Э.Гартмана, нашедших себе в России многочисленных поклонников, доказал недостаточность объяснительных принципов позитивизма, особенно для раскрытия специфики познавательных процессов. Это заставило не только философов, но и естествоиспытателей, стремящихся к цельному мировоззрению, вновь обратиться к философии. Интересно, что вышедшая в 1881 году книга Н. И. Пирогова "Вопросы жизни из дневника врача", в которой он обосновывает свою телеологическую точку зрения и обнаруживает себя как глубокий и самостоятельный религиозный мыслитель, была очень тепло и сочувственно встречена в обществе. В то же время подобные книги, появившиеся в 60-70-х годах, неизбежно отвергались как научным, так и вообще общественным мнением. Характерный поворот мнений в естествознании виден и в книге 1906 года "Сборник по философии естествознания", хотя не исчезла и ориентация психологов на естественные науки, стремление к построению объективной психологии, исследующей поведение человека и животных, основы которой были заложены Сеченовым. В новых условиях идеи И.М.Сеченова разрабатывались И.П.Павловым, В.М.Бехтеревым, В.А.Вагнером и другими исследователями.