В 1900 году Юнг переехал в Цюрих и стал работать ассистентом у известного в то время врача-психиатра Юджина Блейлера в больнице для душевнобольных Бурхгольцли (пригород Цюриха). Он поселился на больничной территории, и с этого момента жизнь молодого сотрудника стала проходить в атмосфере психиатрического монастыря. Блейлер был зримым воплощением работы и профессионального долга. От себя и сотрудников он требовал точности, аккуратности и внимательности к пациентам. Утренний обход заканчивался в 8.30 утра рабочей встречей персонала, на которой заслушивались сообщения о состоянии больных. Два-три раза в неделю в 10.00 утра происходили встречи врачей с обязательным обсуждением историй болезни как старых, так и вновь поступивших пациентов. Встречи происходили при непременном участии самого Блейлера. Обязательный вечерний обход происходил между пятью и семью часами вечера. Никаких секретарей не было, и персонал сам печатал на машинке истории болезни, так что порой приходилось работать до одиннадцати часов вечера. Больничные ворота и двери закрывались в 10.00 вечера. Младший персонал ключей не имел, так что, если Юнг хотел вернуться из города домой попозже, он должен был просить ключ у кого-либо из старшего медперсонала. На территории больницы царил сухой закон. Юнг упоминает, что первые шесть месяцев он провел совершенно отрезанный от внешнего мира и в свободное время читал пятидесятитомную "Allgemeine Zeitschrift fur Psychiatrie".

Вскоре он начал публиковать свои первые клинические работы, а также статьи по применению разработанного им же теста словесных ассоциаций. Юнг пришел к выводу, что посредством словесных связей можно обнаружить ("нащупать") определенные совокупности (констелляции) чувственно окрашенных (или эмоционально "заряженных") мыслей, понятий, представлений и, тем самым, дать возможность выявиться болезненным симптомам. Тест работал, оценивая реакцию пациента по временной задержке между стимулом и ответом. В результате выявилось соответствие между словом-реакцией и самим поведением испытуемого. Значительное отклонение от норм отмечало присутствие аффективно-нагруженных бессознательных идей, и Юнг ввел понятие "комплекс", чтобы описать их целокупную комбинацию.